Một là, quy mô sản xuất nông nghiệp còn nhỏ lẻ, manh mún, giá trị gia tăng thấp. Các sản phẩm xuất khẩu chủ yếu là sản phẩm thô, giá trị thấp, thiếu bền vững. Đổi mới hình thức tổ chức sản xuất trong nông nghiệp còn diễn ra chậm, chủ yếu vẫn là kinh tế hộ; đa số doanh nghiệp và hợp tác xã có quy mô nhỏ, hiệu quả hoạt động còn nhiều hạn chế.
Hai là, nông nghiệp Việt Nam chưa thực sự chuyển mình theo hướng công nghiệp, hiện đại, gắn với kinh tế thị trường và hội nhập quốc tế. Quy hoạch sản xuất còn chủ quan, duy ý chí, chưa bám sát, dự báo đúng nhu cầu của thị trường. Sự gắn kết giữa sản xuất nông nghiệp và công nghiệp chế biến; giữa nhà nông, nhà doanh nghiệp, nhà khoa học còn yếu dẫn tới thực trạng một nền sản xuất giá trị thấp, nhiều rủi ro, thiếu bền vững. Năng lực mở rộng thị trường và dự báo thị trường cho sản xuất, tiêu thụ nông sản còn nhiều hạn chế; nhiều nông sản, nhất là nông sản thô đang quá lệ thuộc vào một vài thị trường nhất định. Nghịch lý “được mùa rớt giá” vẫn thường xuyên lặp lại. Việc ứng dụng, chuyển giao kỹ thuật, công nghệ cao vào phát triển nông nghiệp, nông thôn còn gặp nhiều khó khăn, nhất là nông thôn miền núi, vùng dân tộc thiểu số. Người dân và doanh nghiệp vẫn còn khó tiếp cận đối với hoạt động tín dụng; “tín dụng đen” vẫn tồn tại ở nhiều địa bàn nông thôn.
Ba là, một số địa bàn nông thôn nảy sinh nhiều vấn đề xã hội phức tạp. Tình trạng ô nhiễm môi trường, nhất là ô nhiễm nguồn nước ở sông, kênh mương; tình trạng sử dụng thuốc bảo vệ thực vật bừa bãi; phát triển công nghiệp, làng nghề thiếu quy hoạch; vệ sinh an toàn thực phẩm, nông sản chưa bảo đảm. Không ít tệ nạn xã hội nảy sinh làm cho tình hình an ninh trật tự ở nhiều địa bàn nông thôn trở nên phức tạp như: ma túy, cờ bạc, tín dụng đen, trộm cắp, mại dâm, bạo lực gia đình…
Kết quả xây dựng nông thôn mới có sự chênh lệch lớn giữa các vùng miền, địa phương: có tỉnh 100% số xã đạt chuẩn nông thôn mới, có địa phương đã chuyển sang giai đoạn nâng cao và xây dựng nông thôn mới kiểu mẫu, nhưng vẫn còn địa phương khác có số xã đạt chuẩn rất thấp, dưới 20%(7). Hệ thống hạ tầng kinh tế – xã hội được đầu tư lớn nhưng không được bảo dưỡng, duy tu, sử dụng hiệu quả, đang trở nên xuống cấp, lãng phí. Trong khi đó, hệ thống chính trị cơ sở ở nông thôn cũng bộc lộ nhiều hạn chế, bất cập, nhất là năng lực lãnh đạo, quản lý của cán bộ cơ sở, trong điều kiện chuyển đổi số, hội nhập quốc tế sâu rộng.
Bốn là, năng lực làm chủ và vai trò chủ thể của nông dân trong phát triển nông nghiệp, xây dựng nông thôn mới có mặt còn bất cập, hạn chế. Phần đông nông dân eo hẹp về nguồn lực, nhiều lao động lớn tuổi, thiếu kiến thức về sản xuất hàng hóa, thiếu hiểu biết về kinh tế thị trường, chủ yếu sản xuất theo kinh nghiệm, phong trào. Một bộ phận nông dân còn thụ động, cam chịu số phận, định mệnh. Một bộ phận lao động nông thôn sau khi dịch chuyển sang công nghiệp, dịch vụ ở thành phố, đô thị hay đi xuất khẩu lao động nước ngoài lại quay về nông thôn (vì hết hạn hợp đồng, dịch bệnh, tuổi tác, kỹ năng, tay nghề không đáp ứng yêu cầu của doanh nghiệp, nhất là doanh nghiệp FDI) mang theo nhiều khó khăn, phức tạp cả về việc làm, đời sống, gia đình, văn hóa và an sinh xã hội… Người nông dân vẫn thường ở thế yếu trong hệ thống liên kết kinh tế và trong không ít các quyết định ở nông thôn.
Nông dân có vai trò đóng góp to lớn, quan trọng đối với sự ổn định, phát triển của đất nước, nhất là trong khủng hoảng kinh tế và tác động của đại dịch COVID-19 nhưng trên thực tế, nông dân lại là bộ phận nghèo nhất trong xã hội. Thu nhập bình quân của nông dân thấp, chưa bằng 1/3 thu nhập bình quân của lao động công nghiệp, dịch vụ(8). Tỷ lệ đói nghèo vẫn chủ yếu thuộc cư dân nông thôn. Hiện có trên 90% hộ nghèo của cả nước đang sống ở nông thôn, nhất là vùng dân tộc thiểu số và miền núi(9). So với các giai cấp, tầng lớp khác trong xã hội, nông dân vẫn là đối tượng yếu thế chịu nhiều rủi ro trong sản xuất và đời sống.
Năm là, thể chế chính sách, pháp luật còn nhiều bất cập, nhất là chính sách, pháp luật về đất đai, tín dụng, bảo vệ môi trường, về ứng dụng khoa học, kỹ thuật, phát triển doanh nghiệp nông nghiệp, về thu hút doanh nghiệp đầu tư vào nông thôn, ứng dụng công nghệ cao trong sản xuất, chế biến nông sản, về bảo hiểm nông nghiệp, về phát triển các hình thức liên kết, hợp tác sản xuất theo chuỗi giá trị, về thích ứng với biến đổi khí hậu và nước biển dâng…
